年初从京城返回之后，郑芝龙便抓紧时间开始建设厦门岛和北港。就地理条件来说，厦门岛作为港口比北港要优越的多。
而福建沿海大量的贫困百姓，也给厦门岛的建设提供了大量的廉价劳动力。更不必提，但凡是造船所需的各种材料，福建各地都有着充足的供应。
不过北港也有另外一个好处，因为同大陆间隔了一座海峡，因此那些有权利监管他的地方官员，很难获得他在北港的一应举动，倒是给了他自由发展的空间。
因此郑芝龙在建设自家船队的基业时，把大头放在了厦门岛，但是北港却也没有就此放弃。就连他的台海巡阅府，也在两地各建了一所衙门。
这种双头并进的方式，虽然极大的扩张了他对于台湾海峡的控制权力，但是却也给他造成了不小的经济压力。
郑芝龙被封爵后，在安平老家动工建设的大宅不得不暂时停了下来。把主要的资源都集中到了，两个港口和厦门造船厂的建设上去了。
经过了一年多的建设，北港倒也罢了，这厦门岛的模样倒是彻底发生了变化。厦门岛曾经是鸟类的天堂，岛上并无多少居民，因此也被称为鹭岛。
自明初开始，迁移到岛上的人口才开始兴盛起来。不过在崇祯下令此地开港之前，厦门岛除了一些渔民之外，最多的人口还是军士。
厦门岛西、南、北三面被大陆环抱，东与金门岛隔海相望。厦门岛附近岛屿星罗棋布，岛内群山四周环抱，两个天然港湾海阔水深，终年不冻，既是天然良港，也是同安县的海上屏障。
岛的西岸、北岸距大陆较近，近岸为起伏不大的丘陵。东岸、南岸则滩窄水深，船只难以靠近。因此明朝在此设置了一个卫所，以防范海盗，即中左所。
厦门岛西面与海沧半岛之间的海港古称:鹭江。虽然号称是江，实际上却是一条海沟。这里水面开阔，风浪难及，是最为优秀的海港。
鹭江同厦门岛西南部的筼筜港相连，也是郑芝龙优先修建的港口。在筼筜港的南面，还有一座小岛作为屏障。这座叫做鼓浪屿的小岛，同厦门本岛只隔了一里有余，但是此岛因长年受海浪侵蚀，形成了许多幽谷和峭崖，沙滩、礁石、峭壁、岩峰，相映成趣，是一处风景极佳的所在。
不过在郑芝龙手中，这座景色优美的小岛，就变成了一处屯兵的场所。厦门岛西南部山崖陡峭，唯东北方较为平坦。
因此为了保卫新建立的厦门港，鼓浪屿就成了一处前哨军营。而筼筜港的北面，则开发出了大片的平地，以修建仓房和市集。
当厦门港建成之后，相距不远的月港顿时受到了印象。相比起船只大小不受限制的厦门港，狭小的月港显然已经不能满足大海商们的需求了。
而厦门岛夏无酷暑，冬无严寒的气候特点。很快便吸引了许多欧洲商人，他们碾转找到了郑芝龙，希望能够在厦门岛或是鼓浪屿购地修建居所，在此地居住下来。
相比起炎热的东南亚地区，厦门简直可以算是天堂。而且这里的生活条件也比东南亚好的多，不会有那么多要命的热带疾病。
郑芝龙刚开始的时候还没意识到这些外国商人的要求对他有什么好处，但是随着已经修建好的一部分仓库和住房，以令人咂舌的高价卖出之后，他立刻意识到了，岛上的土地有多么值钱了。
厦门岛原本是一些渔民和军士居住的地方，这里的土地因为不适合耕种，所以基本上可以说是一钱不值。但是现在修建好了港口之后，围绕着港口周边的土地却比最上等的良田还有值钱。
郑芝龙稍稍计算了一下，如果他把岛上的土地全部占下来，然后拿出一部分修建仓库住房出售，那么光是出售房产的收益，就能收回他修建港口和船厂的投入了。
不过当郑芝龙想起打听岛上土地的所有人时，才发觉除了他修建港口和船厂的土地之外，岛上其他土地，包括鼓浪屿都已经落入了内府的名下。
同郑芝龙出售修建好的仓库和住房不同，内府对于修建好的仓库和住房只租不售。随着来到厦门港的商人日渐增多，内府名下的这些仓库和住房，成了岛上仅次于港口和船厂的重要物产。
虽然郑芝龙醒悟过来之后，也开始停止了发卖岛上的物产。但是他愕然发觉，建港之后获益最大，居然是内府而不他这个辛苦建设港口的人。如果对方背后不是皇帝的话，他必然是不会善罢甘休的。
除了这件让他烦心的事情之外，更让他烦恼的是，随着南北口岸的开放，原本被福建人垄断的中日贸易，现在已经呈现出了各省竞争的趋势。